Со временем появились рывки при переключении передач. Раньше машина ездила без отклонений, передачи переключались плавно. На данный момент появились пинки, рывки при переключении. Можно ли данный недуг исправить перепрошивкой ЭБУ коробки?

Нет, в данной ситуации нельзя. Прошивка, которая была залита в ЭБУ коробки не может со временем начать некорректно работать и послужить причиной появления пинков в работе КП. В данной ситуации проблема скрывается в аппаратной части, а не в программной.